Can Ataklı 1956 yılının Mayıs ayında babasının ilk görev yeri olan Diyarbakır’da ailesinin ilk çocuğu olarak doğmuştur. Babası Hikmet Ahmet kimya mühendisidir, annesi de kimya mühendisi olan Kadriye Özkan’dır. Babası kadro olmadığı için lisede kimya öğretmenliği yaparken, Annesi ise Tekel Fabrikasında kimya mühendisi olarak çalışmıştır. Daha sonra anne ve babası Şeker Fabrikaları’nda çalışır; bu vesile ile sırasıyla Susurluk, Uşak, Erzincan gibi yerlerde geçer çocukluğu. Balıkesir Atatürk İlkokulu’ndan mezun olur.
Can Ataklı, daha ortaokuldayken Milliyet gazetesinin düzenlediği bilgi yarışmasında Türkiye genelinde ilk ona girerek Balıkesir’i temsil eder. Daha sonra İstanbul Erkek Lisesi’nde yatılı okumaya başladı. Lise iki ve üçüncü sınıfı, ailesi Ankara’ya taşındığından Ankara Gazi Lisesi’nde bitirdi. 1974 yılının sonlarına doğru İstanbul’a giderek, İstanbul İktisadi ve Ticari ilimler Akademisi Basın Yayın ve Halkla İlişkiler bölümünde okudu. Gazeteciliğe Yeni Ortam gazetesinde gazeteciliğe başladı. 1975 yılında Vatan gazetesinde devam etti.
